Er kunnen uitzonderlijke situaties ontstaan waarin een niet toegelaten middel of toepassing nodig is. Volgens de Nederlandse wet mag een reeds beschikbaar middel zonder de noodzakelijke toelating van het Ctgb voor een beperkte periode worden toegelaten ‘wanneer deze maatregel nodig blijkt ingevolge een op geen enkele andere redelijke manier te beheersen gevaar'.
Een middel mag alleen in Nederland op de markt als het door het Ctgb is beoordeeld en toegelaten. Wanneer het Ctgb een middel toelaat gaat het altijd om één of meer specifieke toepassingen (een bepaalde plaag, specifiek genoemde gewassen). De producent bepaalt welke middelen hij aanvraagt en welke toepassingen het Ctgb moet beoordelen op voldoende veilig gebruik. Het kan dus zijn dat een middel in één van onze buurlanden is toegelaten, maar in Nederland niet is aangevraagd. Ook kan het dat de werkzame stof in een toegelaten middel effectief is tegen plagen of plaagdieren die niet in het toelatingsbesluit zijn opgenomen. Soms zijn er uitzonderlijke situaties waarin telers of andere toepassers een niet toegelaten middel of toepassing toch graag zouden willen gebruiken. De Nederlandse wet zegt dat een reeds beschikbaar gewasbeschermingsmiddel zonder de noodzakelijke toelating van het Ctgb voor een beperkte periode kan worden toegelaten ‘wanneer deze maatregel nodig blijkt ingevolge een op geen enkele andere redelijke manier te beheersen gevaar' (art 53 Verordening Gewasbescherming 1107/2009; art 38 Wgb). Bij een biocidevrijstelling moet het gaan om een ‘niet op andere wijze te bestrijden gevaar voor de volksgezondheid, de gezondheid van dieren of het milieu' (art 55 Verordening Biociden 528/2012; art 46 Wgb). Omdat dit gebruik valt buiten een besluit van het Ctgb beslist de minister van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur (LVVN) en voor biociden de minister van Infrastructuur en Waterstaat over zo’n verzoek.
Voor gewasbeschermingsmiddelen adviseert de NVWA en voor biociden het RIVM over de vraag of er (g)een andere wijze van bestrijden mogelijk is. Bij een positief advies door deze organisaties beoordeelt het Ctgb vervolgens de risico’s van het aangevraagde gebruik in een advies aan de minister. Daarbij wordt gebruik gemaakt van de bestaande aanvraagdossiers met studies en er wordt beoordeeld volgens het nu geldend toetsingskader. De minister besluit op basis van beide adviezen over de aangevraagde tijdelijke vrijstelling. De vrijstelling kent altijd een beperkte periode; maximaal 120 dagen voor een gewasbeschermingsmiddel, maximaal 180 dagen voor een biocide.